Beim Speichern von Dateien oder Programmen legt Windows diese oft zerstückelt in mehrere nicht zusammenhängende Speicherbereiche auf der Festplatte ab. Beim erneuten Laden der Daten müssen die verstreuten Datenstücke dann wieder zusammengeführt werden. Folglich wird der Rechner mit der Zeit immer langsamer, weil der Festplattenlesekopf über den Datenträger oft hin und her springen muss. Zum optimieren der Datenstruktur und des unbenutzten Speicherplatzes auf der Festplatte ist in Windows ein Defragmentierungsprogramm enthalten. Sie finden es im Startmenü über (PROGRAMME | ZUBEHÖR | SYSTEMPROGRAMME | Defragmentierung).
Allerdings arbeitet die Standard Defragmentierungsfunktion von Windows 9x und Me alles andere als optimal, was dazu führt, dass einige Systemdateien und versteckte Daten nicht in die Defragmentierung einbezogen werden und verstreut auf der Festplatte liegen bleiben. Diese Dateien lassen sich auch nicht über die Optionen unter Einstellungen für die Laufwerkdefragmentierung  einbeziehen.
Wird das Programm DEFRAG.EXE allerdings über  START | AUSFÜHREN  mit dem Parameter  "/P"  gestartet, werden auch Systemdateien und versteckte Daten optimiert und an den Anfang der Partition verschoben. Der einziger Nachteil bei dieser Methode ist, die Defragmentierung der Festplatte dauert etwas länger.

Zum Ausführen des Programms gehen Sie wie folgt vor:

Klicken Sie im Startmenü auf AUSFÜHREN und geben Sie den Befehl: DEFRAG.EXE /[Parameter]  ein. Wenn Sie z.B. die Daten auf allen Laufwerken inklusive System und versteckter Dateien, sowie den freien Speicherplatz optimieren wollen, geben Sie folgenden Befehl ein:  DEFRAG.EXE /ALL /F /P .
Mit  OK  wird das Defragmentierungsprogramm dann gestartet.

Komfortabler kann das Defragmentierungsprogramm, mit den entsprechenden Parametern, über eine Verknüpfung auf dem Desktop gestartet werden. Dazu Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf eine freie Stelle im Windows-Desktop und Klicken dann im Kontextmenü auf  NEU | VERKNÜPFUNG . In dem folgendem Dialogfenster tragen Sie dann in die Befehlszeile  DEFRAG.EXE /ALL /F /P /NOPROMPT ein und bestätigen mit  WEITER . Abschliessend geben Sie der Verknüpfung noch einen eindeutigen Namen und beenden die Eingabe mit  FERTIG STELLEN . Über die neue Verknüpfung können Sie nun das Defragmentierungsprogramm ohne weitere Benutzereingaben starten.

Abhängig von der Nutzung des Rechners ist es ratsam die Festplatte(n) alle ein bis zwei Monate zu defragmentieren. Damit das Defragmentierungsprogramm reibungslos arbeiten kann sollten zuvor alle aktiven Programme, inklusive Antiviren-Software, beendet werden. Sonst dauert die Defragmentierung meist erheblich länger, weil das Defragmentierungsprogramm jedes Mal neu gestartet wird, wenn ein anderes Programm auf den Datenträger schreibt .

In der Tabelle sind alle Parameter zum Steuern des Programms Defrag.exe aufgeführt. Die Parameter können auch kombiniert eingesetzt werden.